Ο Φ.Σ. Θεσσαλονίκης θέτει στόχο να διευκολύνει τους φαρμακοποιούς στην τήρηση ηλεκτρονικού βιβλίου ναρκωτικών που πλέον πραγματοποιείται μέσω των προγραμμάτων φαρμακείου.
Συνεργάστηκε με τις εταιρείες διαχείρισης των προγραμμάτων αυτών και συνέταξε αναλυτικές οδηγίες για τη διαδικασία που πρέπει να ακολουθούν οι φαρμακοποιοί, ώστε να εκδώσουν το βιβλίο ναρκωτικών, σε περίπτωση που γίνει έλεγχος από τις αρμόδιες αρχές. Στην ιστοσελίδα του Συλλόγου, οι ενδιαφερόμενοι φαρμακοποιοί μπορούν να βρουν τις οδηγίες για το πρόγραμμά τους, μεταξύ των: Διοσκουρίδης, Euromedica, Euromedica Two, Medwin-Λαδάς και Smartwear.