Σύμφωνα με νομοσχέδιο που κατατέθηκε στη Βουλή από το υπουργείο Υγείας, με απόφαση του Δ.Σ. του ΠΦΣ ιδρύεται νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου με την επωνυμία «Ινστιτούτο Φαρμακευτικών Επιστημονικών Ερευνών», το οποίο διοικείται από Διοικητικό Συμβούλιο που ορίζεται με απόφαση του Δ.Σ. του ΠΦΣ με τριετή θητεία.
Σκοποί του Ινστιτούτου είναι η μελέτη επιστημονικών θεμάτων που αφορούν ζητήματα υγείας και φαρμάκου, η συνεχιζόμενη και δια βίου πιστοποιημένη εκπαίδευση των φαρμακοποιών και των βοηθών τους, η φαρμακευτική δεοντολογία, η ενημέρωση των μελών του ΠΦΣ και των φαρμακοποιών, ιδίως για τις εξελίξεις σε επιστημονικά ή κλαδικά θέματα ή σε θέματα δημόσιας υγείας και φαρμακευτικής αγοράς, η επιστημονική πιστοποίηση των φαρμακοποιών σε εξειδικευμένα αντικείμενα που αφορούν φάρμακα και προϊόντα που προωθούνται μέσω των φαρμακείων κ.ά.
Το προσωπικό του Ινστιτούτου Επιστημονικών Ερευνών προσλαμβάνεται με απόφαση του Δ.Σ. του ΠΦΣ και αποτελείται από εμπειρογνώμονες με ειδικές γνώσεις φαρμακευτικής, νομικούς, εμπειρογνώμονες επί ασφαλιστικών και οικονομικών θεμάτων και διοικητικό προσωπικό.