Πρόβλημα αναμένεται να δημιουργήσει για άλλη μία φορά η ηλεκτρονική συνταγογράφηση στην καθημερινή εργασία των φαρμακοποιών, καθώς αποφασίστηκε σε περίπτωση που τα κουπόνια των συσκευασιών των φαρμάκων δεν αναγνωρίζονται από το σύστημα για οποιοδήποτε λόγο, το σύστημα θα μπλοκάρει την εκτέλεση της συνταγής. Ακολουθεί κείμενο του Φ.Σ.Α. με το οποίο επισημαίνει τα επερχόμενα πρόβληματα με αυτή την αλλαγή:
"Όπως πληροφορηθήκαμε από σήμερα το μεσημέρι 13-5-2013 θα τοποθετηθεί φραγμός κατά την εκτέλεση των ηλεκτρονικών συνταγών. Ο φραγμός αυτός θα αφορά, φάρμακα των οποίων τα κουπόνια για διαφόρους λόγους, δεν αναγνωρίζονται από το σύστημα. Οι λόγοι αυτοί μπορεί να είναι καθαρά τυπικοί, επειδή π.χ. οι εταιρείες δεν έχουν δηλώσει τους αριθμούς των κουπονιών αυτών στον ΕΟΦ, ή ουσιαστικοί επειδή π.χ. τα φάρμακα που φέρουν τα κουπόνια αυτά έχουν δηλωθεί ως εξαγόμενα. Μπορεί όμως να υπάρχουν και διάφοροι άλλοι λόγοι. Σε αυτή την περίπτωση κατά την εκτέλεση των συνταγών με τέτοια φάρμακα το σύστημα θα απορρίπτει το ιδιοσκεύασμα που φέρει τέτοιο κουπόνι.
Όταν συμβεί αυτό, θα πρέπει να παραγγέλνετε άλλο φάρμακο από την φαρμακαποθήκη ή την εταιρεία με διαφορετικό κουπόνι, και στην συνέχεια να επιστρέφετε τα φάρμακα αυτά στις φαρμακαποθήκες ή στις εταιρείες αντίστοιχα για αντικατάσταση.