Την ίδρυση φαρμακείων σε Φορείς Ασφάλισης που δεν έχουν ενταχθεί στον ΕΟΠΥΥ προβλέπει ο νόμος για το Πρωτοβάθμιο Εθνικό Δίκτυο Υγείας (ΠΕΔΥ).
Συγκεκριμένα, σύμφωνα με το άρθρο 39 του 4ου κεφαλαίου με τίτλο: Λοιπές διατάξεις Πρωτοβάθμιας Φροντίδας Υγείας, παρέχεται η δυνατότητα ίδρυσης φαρμακείων σε Φορείς Ασφάλισης, των οποίων οι κλάδοι υγείας δεν έχουν ενταχθεί στον ΕΟΠΥΥ και λειτουργούν με τη μορφή Ν.Π.Ι.Δ. μη κερδοσκοπικού – σωματειακού χαρακτήρα, αυτοδιαχειριζόμενοι, που δεν λαμβάνουν κρατική επιχορήγηση, είτε ο καθένας ξεχωριστά είτε υπό τη μορφή Ομοσπονδίας.
Η ίδρυση, η διαδικασία προμηθειών και οι τιμές με τις οποίες προμηθεύονται τα σκευάσματά τους διέπεται από τους ίδιους κανόνες και προϋποθέσεις που ισχύουν για τα φαρμακεία του ΕΟΠΥΥ, όπως προβλέπεται στη σχετική νομοθεσία.
Ενώ ο κλάδος των φαρμακοποιών έχει κατά καιρούς εκφράσει την αντίθεσή του στη λειτουργία των φαρμακείων του ΕΟΠΥΥ, τώρα έρχονται να προστεθούν και τα φαρμακεία των υπόλοιπων ασφαλιστικών ταμείων, τα οποία είναι αυτοδιαχειριζόμενα.
Πάντως, αυτή τη στιγμή στην Ελλάδα τα αυτοδιαχειριζόμενα ταμεία είναι το Τ.Υ.Π.Ε.Τ. (Ταμείο Υγείας Προσωπικού Εθνικής Τράπεζας), το Α.Τ.Π.Σ.Υ.Τ.Ε. (Αλληλοβοηθητικό Ταμείο Περίθαλψης Συλλόγου Υπαλλήλων Τραπέζης Ελλάδος), το Τ.Υ.Π.Α.Τ.Ε. (Ταμείο Υγείας Προσωπικού Αγροτικής Τράπεζας) και ο Ε.Δ.Ο.Ε.Α.Π. (Ενιαίο Δημοσιογραφικό Οργανισμό Επικουρικής Ασφάλισης και Περίθαλψης).