Η ένταξη του εμβολιασμού HPV για τα αγόρια στο Εθνικό Πρόγραμμα Εμβολιασμού κρίνεται αναγκαία σύμφωνα με τα διαθέσιμα δεδομένα που δείχνουν ότι το ο ιός HPV ευθύνεται για περίπου 10.000 περιστατικά ανδρικών καρκίνων και 390.000 περιπτώσεις πρωκτογεννητικών κονδυλωμάτων στην Ευρώπη. Τα αγόρια έχουν υψηλή πιθανότητα νόσησης ανεξαρτήτως ηλικίας, ενώ έχουν και χαμηλότερη ανοσολογική απόκριση στη φυσική λοίμωξη από ό,τι τα κορίτσια.
Ο εμβολιασμός είναι το μοναδικό μέσο πρόληψης για τα αγόρια και αναμένεται να βοηθήσει «εμμέσως» και στη προφύλαξη των κοριτσιών. Παράλληλα αποτελεί και μια οικονομικά αποδοτική λύση για το σύστημα υγείας, με δεδομένα κόστους-αποτελεσματικότητας από διάφορες χώρες της Ευρώπης να επιβεβαιώνουν ότι η μετάβαση σε ένα εμβολιαστικό πρόγραμμα και για τα δύο φύλα είναι οικονομικά αποδοτική λύση σε σχέση με τον εμβολιασμό μόνο των κοριτσιών. Σημειώνεται επίσης ότι ο εμβολιασμός κατά του ΗPV αποτελεί μέρος της στρατηγικής του Π.Ο.Υ και της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την καταπολέμηση του καρκίνου.